補助金の最低賃金要件で返還トラブル続出？判断基準と正しい対策を解説

補助金の公募要領を読んでいると、「事業場内最低賃金を地域別最低賃金より30円以上高い水準にすること」といった要件を目にすることがあります。

しかし、実際に申請を検討する立場になると、次のような疑問が生じるのではないでしょうか。

こうした疑問は、補助金を利用する企業にとって重要です。要件の理解を誤ると、賃上げを実施していたとしても、補助金のルール上は未達と判断される可能性があるためです。

2026年10月23日には、最低賃金に関する要件を達成できず、補助金の返還対象となっていた企業が28社あり、約2億9,063万円が未返還になっていたと報じられました。会計検査院は、企業側の賃金算定の誤りに加え、運営側の確認体制にも問題があったと指摘しています。

本コラムでは、このニュースをきっかけに、補助金における最低賃金要件の基本的な考え方を整理します。

そのうえで、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金を例に、「一人当たり給与支給総額の年平均成長率3.5％以上」と「事業場内最低賃金が地域別最低賃金＋30円以上」という2つの要件について、いつ・どの時点で・どのように達成すればよいのかを詳しく解説します。

※補助金の要件は公募回や適用される規程によって変更される場合があります。本コラムは公募要領（2026年9月28日改訂の1.3版）の内容をもとにした解説です。申請時には、必ず対象となる公募回の公式資料をご確認ください。

1．最低賃金要件を巡る補助金の返還問題

28社で約2億9,063万円が未返還に

2026年10月23日の報道によると、中小企業基盤整備機構が交付する生産性向上に関する補助金を巡り、最低賃金に関する要件を達成できなかった企業が28社あり、約2億9,063万円が未返還となっていました。

報道では、補助金を受けた企業には、事業完了後3～5年の間、地域別最低賃金より30円以上高い水準にすることが求められていたとされています。

問題となったのは、企業側が最低賃金の算出方法を誤り、要件を達成したと誤って報告していたことです。また、会計検査院は、運営側が報告内容を裏付ける資料を十分に求めていなかった点も指摘しました。

この事例から分かるのは、賃金を引き上げるだけでは十分ではないということです。補助金で定められた方法で賃金を計算し、指定された時点で要件を満たしていることを確認し、必要な資料を用いて報告する必要があります。

なお、今回報道された補助金の要件と、以下で紹介する新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の要件は、必ずしも同一ではありません。制度ごとの違いを理解するため、具体例として取り上げます。

2．補助金における「最低賃金要件」とは？

地域別最低賃金と事業場内最低賃金の違い

最低賃金に関する要件を理解するためには、まず「地域別最低賃金」と「事業場内最低賃金」の違いを押さえておく必要があります。

地域別最低賃金とは、都道府県ごとに定められる最低賃金です。原則として、当該都道府県内の事業場で働く労働者に適用されます。毎年10月頃に改定されます。

一方、事業場内最低賃金とは、補助金の要件において、対象となる事業場で最も低い賃金水準を指します。補助金では、この事業場内最低賃金を地域別最低賃金と比較する仕組みが設けられています。

※上記は仕組みを説明するための仮定の数値です。

平均給与が上がっていても、最低賃金要件を満たすとは限らない

最低賃金要件と混同しやすいのが、給与支給総額や一人当たり給与支給総額の増加要件です。これらは、それぞれ異なる指標です。

例えば、従業員の大半の給与を引き上げ、一人当たり給与支給総額が目標どおりに増えたとしても、対象となる事業場で最も低い賃金が基準を下回っていれば、最低賃金要件を満たしません。反対に、最低賃金を一定水準以上に引き上げていても、一人当たり給与支給総額の目標に届かない場合があります。

要件	確認する内容	判定の仕方
事業場内最低賃金	事業場で最も低い賃金が、地域別最低賃金＋30円以上の水準か	水準そのものを判定
一人当たり給与支給総額	従業員1人当たりの給与が、目標どおり年平均で増加したか	年平均成長率で判定

また、最低賃金の判定では、単純に月給額を労働時間で割ればよいとは限りません。月給制の場合は、賃金額を1か月の所定労働時間で割って時間額を算定しますが、最低賃金の対象となる賃金項目や換算方法は、公募要領や手引きで確認する必要があります。

3．具体例：新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の賃上げ要件

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金は、従来の「新事業進出補助金」と「ものづくり補助金」が統合され、2026年度に始まった補助金です。革新的新製品・サービス枠、新事業進出枠、グローバル枠の3つの事業枠があります。

賃上げに関する要件は、次の4つで構成されています。

本コラムでは、特に判定の仕方に注意が必要な①②③を中心に解説します。

4．いつ・どの時点で達成するのか｜「年平均」と「毎年」の違い

最低賃金要件で特に注意したいのが、達成すべき時期と、判定の仕方です。結論から言うと、①と②では次のように違います。

「毎年3.5％ずつ上げなければならない」わけでも、「30円上乗せは5年後に一度だけ満たせばよい」わけでもありません。それぞれ判定の仕方が異なります。

全体の流れ（図解①）

以下は、一人当たり給与支給総額が基準年度に300万円で、目標を基準値の3.5％、事業計画期間を5年とした場合のイメージです（試算）。

※以下の試算イメージは、「前半の年度をあえて足踏み（低め）に抑えた場合」の一例です。複利の計算上、前半を据え置くと後年度（3〜5年目）にものすごい急ピッチで大幅な賃上げを行って帳尻を合わせなければならなくなるため、計画的な引き上げが重要となります。

※概念図です。実際の判定時期・報告期限は公募回によって異なります。年度の数え方は、後述の基準年度の考え方に従います。

基準年度とは何か

①の比較の基準となるのは、補助事業実施期間の終了時点が含まれる事業年度（基準年度）の一人当たり給与支給総額です。基準年度の次の事業年度から、事業計画1年目、2年目と数えていきます。

申請時点の給与水準ではなく、補助事業が終わる時点を含む事業年度が基準になる点に注意が必要です。

①一人当たり給与支給総額｜「年平均」で、最終年度に判定される

年平均成長率は、複利で計算します。公募要領に示されている計算式は次のとおりです。

一人当たり給与支給総額の年平均成長率（％）＝｛（報告年度の一人当たり給与支給総額 ÷ 基準年度の一人当たり給与支給総額）効果報告回数 － 1｝× 100

例えば、基準年度の一人当たり給与支給総額が300万円で、年平均3.5％の目標を3年の事業計画で達成する場合、最終年度には次の金額以上が必要になります（試算）。

• 3年計画：300万円×1.035の3乗＝約332万6,154円
• 5年計画：300万円×1.035の5乗＝約356万3,059円

公募要領には端数処理の明記がないため、端数ぎりぎりの金額を狙わず、余裕を持った計画にしておくのが安全です。

この要件は最終年度時点で判定されるため、途中の年度で一時的に目標を下回っても、最終年度に目標値を達成していれば返還の対象にはなりません。ただし、事業化状況報告は毎年提出することになっているため、途中年度に目標を下回った場合は、その理由と最終年度に向けた見通しを説明できるようにしておく必要があります。

注意点が3つあります。

また、算出対象となる従業員にも決まりがあります。
給与支給総額には、従業員に支払った給料・賃金・賞与等が含まれ、役員報酬・福利厚生費・法定福利費・退職金は含まれません。基準年度および算出対象の各事業年度で全月分の給与等の支給を受けた従業員が対象で、パートタイム従業員は正社員の就業時間に換算して人数を算出します。

②事業場内最低賃金｜「毎年」判定される

②は、毎年の事業化状況報告時点で、事業場内最低賃金が地域別最低賃金より30円以上高い水準であることが求められます。①と異なり、最終年度にまとめて判定されるわけではありません。

判定の対象は、補助事業を実施する事業場のうち、事業場内最低賃金が最も低くなる事業場です。事業場が複数ある場合は、旧制度の感覚で「主たる事業実施場所」だけを見ていると、判定結果が変わる可能性があります。

なお、雇用形態にかかわらず本要件は適用されますが、都道府県労働局長から最低賃金の減額特例の許可を受けている労働者は対象外です。

地域別最低賃金が改定されたらどうなる？

地域別最低賃金は毎年10月頃に改定されます。要件が「地域別最低賃金＋30円以上」である以上、改定のたびに、必要な事業場内最低賃金の水準が上がります。

例えば、地域別最低賃金が1,100円から1,150円に引き上げられた場合（仮定）、必要な水準は1,130円から1,180円に上がります。つまり、ある年に30円を上回っていても、翌年以降は自動的に満たせるとは限りません。 事業計画期間中の最低賃金の改定を見据えて、賃金改定や人件費の計画を立てておく必要があります。

ただし、実際にどの時点の地域別最低賃金を用いて判定するかは、事業化状況報告の手引き（事務局のQ&Aやマニュアル）等で確認が必要です。

５．賃上げ特例とは？｜基本要件（＋30円）と特例（＋50円）の違い

補助上限額の大幅な引き上げを狙う場合、任意のオプションである「賃上げ特例」を適用する選択肢があります。基本要件に比べて求められるハードルが高くなる分、受給できる補助金の上限が増額される仕組みです。

基本要件と賃上げ特例の要件比較

賃上げ特例を適用する場合、給与総額と最低賃金の両方で、通常（基本要件）よりも高い目標をクリアする必要があります。

比較項目	① 基本要件	② 賃上げ特例	上乗せ分
一人当たり給与支給総額 （年平均成長率）	3.5％以上	6.0％以上	＋2.5 pt
事業場内最低賃金 （地域別最賃との差）	＋30円以上	＋50円以上	＋20円

賃上げ特例を適用するメリットとリスク

特例の適用には、大きなメリットがある反面、相応のリスクも伴います。

6．最低賃金要件を達成できなかった場合はどうなる？

要件を達成できなかった場合、原則として補助金の返還義務が生じます。

ただし、「要件を満たせなければ必ず全額返還」と一律に決まっているわけではありません。どの要件を達成できなかったのかによって、返還が必要になる条件や金額の計算方法が大きく異なります。

要件ごとの返還ルール一覧

返還額の具体的イメージ（試算例）

実際の金額にあてはめて考えると、返還の仕組みがよりわかりやすくなります。

• 【① 給与支給総額の未達例】補助金交付額が1,000万円で、目標「3.5％増」に対して実績が「2.8％増」だった場合：1,000万円 ×（1 － 2.8％ ÷ 3.5％）＝ 200万円 の返還となります。
• 【② 最低賃金の未達例】補助金交付額が1,500万円（5年計画）で、ある1つの年度だけ＋30円を下回ってしまった場合：1,500万円 ÷ 5年 ＝ 300万円 がその年度の返還額となります。未達の年度が増えるとその分返還額が加算されます。

赤字等による「返還免除」の規定

やむを得ない業績悪化等に対応するため、一定の救済措置（返還免除）が設けられています。

• 付加価値額が増加しておらず、かつ営業利益が赤字の場合
• 天災など事業者の責めに帰さない理由がある場合

上記に該当する場合は返還が免除されるケースがありますが、①と②で免除が認められる条件（赤字判断の対象年度など）が微妙に異なります。最初から免除を前提とせず、確実に要件を達成できる現実的な賃金計画を立てることが重要です。

7．賃金の計算ミスや報告誤りにも注意

冒頭の報道では、企業側が最低賃金の算出方法を誤り、要件を達成したと報告していたことが問題となりました。賃金の水準を確認する際には、単に給与明細を見て判断するのではなく、補助金のルールに従って計算し、裏付け資料を保管しておくことが重要です。

最低賃金の判定に必要な資料としては、例えば次のようなものが考えられます。

実際に必要となる資料は制度によって異なりますが、計算根拠を第三者にも説明できる状態にしておくことが大切です。特に②は毎年判定されるため、毎年の報告に向けて、事業場ごと・従業員ごとの時間額を継続的に確認できる体制を作っておくと安心です。

8．最低賃金要件で失敗しないためのチェックリスト

補助金を申請する際には、次の項目を事前に確認しておくとよいでしょう。

特に、事業完了後も複数年にわたって要件を達成する必要があるため、申請時点だけでなく、その後の人件費や賃金改定の見通しも含めて計画を立てることが重要です。

9．まとめ｜最低賃金要件は、申請時だけでなく採択後も管理する

最低賃金に関する補助金の要件は、一見すると「地域別最低賃金より30円高くする」といった単純な条件に見えます。

しかし、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金を例に見ると、一人当たり給与支給総額は「基準年度から最終年度までの年平均」で最終年度に判定され、事業場内最低賃金は「毎年」判定されるというように、要件ごとに判定の仕方が異なります。さらに、対象となる事業場、賃金の計算方法、基準となる最低賃金、報告方法、未達時の返還ルールなど、確認すべき項目が複数あります。

また、基本要件と賃上げ特例では、求められる水準や未達時の扱いが大きく異なります。補助上限額の引上げだけに注目するのではなく、事業計画期間を通じて要件を達成できるかどうかを慎重に検討する必要があります。

今回の報道は、補助金の採択を受けることだけでなく、採択後に要件を正しく理解し、継続して管理することの重要性を示しています。補助率や補助上限額だけでなく、事業完了後の報告義務や返還リスクまで確認したうえで、無理のない事業計画を立てることが大切です。